Peamine erinevus opsoniseerimise ja neutraliseerimise vahel sõltub sellest, kuidas nad immunoloogilise vastuse teostavad. Opsoniseerimisel märgitakse patogeenid enne nende hävitamist, samal ajal kui neutraliseerimine neutraliseerib patogeeni mõju.
Immunoloogilised reaktsioonid võivad olla kaasasündinud või kohanemisvõimelised. Patogeenidel on patogeenide äratundmise retseptorid, mis hõlbustavad peremehe tuvastamist. Opsoniseerimisel toodab peremeesorganism opsonine. Kuid neutraliseerimisel toodab peremeesorganism neutraliseerivad antikehad, et neutraliseerida antikeha-antigeeni reaktsiooni mõju.
