Peamine erinevus fagotsütoosi ja opsoniseerimise vahel on see, et fagotsütoos on mehhanism, mida teatud rakud või organismid rakendavad võõrkehade sissevõtmiseks või neelamiseks, opsoniseerimine on protsess, mille käigus patogeenid eemaldatakse süsteemist pärast opsoniinide märkimist.
Immunoloogilised reaktsioonid võivad olla kaasasündinud või kohanemisvõimelised. Patogeenidel on patogeenide äratundmise retseptorid, mis hõlbustavad peremehe tuvastamist. Opsoniseerimine ja fagotsütoos on kaks immunoloogilist vastust. Opsoniseerimisel identifitseerib ja märgistab peremeesorganism sissetungivad osakesed hävitamiseks opsoniinide tootmise teel. Fagotsütoos on mehhanism, mille kaudu teatud immuunrakud neelavad ja hävitavad sissetungivad osakesed või võõrkehad kehast.
