Peamine erinevus HPLC ja GC vahel on see, et HPLC kasutab tahket statsionaarset faasi ja vedelat liikuvat faasi, samas kui GC kasutab vedelat statsionaarset faasi ja gaasilist liikuvat faasi.
HPLC ja GC on mõlemad ühendite segust eraldamise meetodid. Kui HPLC viitab kõrgsurve vedelikkromatograafiale, siis GC on lihtsalt gaasikromatograafia. Seega kehtib HPLC komponentide suhtes, mis on vedelikud, kuid GC on kasulik, kui ühendid on gaasilised või ühendid, mis eraldumisprotsessi käigus aurustuvad. Mõlemal on aga sama põhimõte, et rasked molekulid voolavad aeglasemalt kui kergemad.
