Pepsiini ja proteaasi peamine erinevus seisneb selles, et pepsiin on ühte tüüpi proteaasid, samas kui proteaas on ensüüm, mis lõhustab valgu aminohapeteks.
Valgud on olulised makromolekulid, mis on valmistatud erinevatest aminohapetest. Aminohapped on valkude ehituskivid ja need polümeriseeruvad amiidsidemetega valkudeks. Mõned ensüümid võivad lõhustada valke aminohapeteks ja neid tuntakse proteaasidena. Proteaase on erinevat tüüpi, mis erinevad hüdrolüüsi mehhanismi järgi. Nende hulgas on pepsiin, mis on maoproteaas, üks sellist tüüpi.
