Peamine erinevus vaikse ja neutraalse mutatsiooni vahel on see, et vaikne mutatsioon on teatud tüüpi neutraalne mutatsioon, millel ei ole organismi fenotüübile täheldatavat mõju, samas kui neutraalne mutatsioon on muutus DNA järjestuses, mis ei ole kasulik ega kahjulik organism ellujäämiseks ja paljunemiseks.
Mutatsioon on muutus, mis toimub DNA nukleotiidjärjestuses. Mutatsioon võib toimuda keskkonnategurite, nagu sigaretisuits ja UV-valgus, või viirusrünnakute, tugevate kemikaalide jms tõttu. Idurakkude mutatsioonid kanduvad järgmistesse põlvkondadesse, samas kui mitte-idurakkude mutatsioonid (somaatilised mutatsioonid) järgmistesse põlvkondadesse ja need mõjutavad ühe organismi ellujäämist. Vaiksed mutatsioonid ei too kaasa muutusi kodeeritud valgu aminohappejärjestuses. Neutraalsed mutatsioonid ei põhjusta vaadeldavat mõju organismi fenotüübile.
