Peamine erinevus alleeli ja lookuse vahel on see, et alleel viitab ühele kahest või enamast alternatiivsest geeni järjestusest kindlas lookuses, samas kui lookus viitab teatud asukohale kromosoomis, kus geeni võib leida.
Geenide kujul pärineb geneetiline teave vanematelt järglastele. Geenid on spetsiifilised nukleotiidjärjestused, mis asuvad kromosoomides. Organismi genoomist võib leida palju geene. Nende paigutus genoomis on täpne ja geeni asukoha saab geneetilise markeriga hõlpsasti leida. Lisaks võib konkreetsel geenil olla erinevad versioonid, mida me nimetame alleelideks. Geeni spetsiifiline asukoht kromosoomis on samuti väga oluline ja me nimetame seda lookuseks.
