Peamine erinevus koodominantsi ja mitme alleeli vahel seisneb selles, et koodominants väljendab mõlema alleeli mõju iseseisvalt, segunemata heterosügootses olekus, samas kui mitu alleeli viitavad tunnuse olekule, millel on rohkem kui kaks erinevat alleeli.
Üldiselt on igal geenil kaks erinevat alleeli. Üks on domineeriv alleel, teine aga retsessiivne alleel. Mendeli pärandi järgi väljendab domineeriv alleel oma fenotüüpi, surudes samal ajal retsessiivse alleeli alla heterosügootses olekus. Kuid mõnel geenil on ühe omaduse jaoks kolm või enam erinevat alleeli. Neid nimetatakse mitmeks alleeliks. Pealegi on koodominants mitte-Mendeli pärand. Selle nähtuse korral saavad järeltulijad mõlemad vanemgeenid mõlema geeni kombinatsioonina. Seetõttu avalduvad mõlemad geenid järglastel võrdselt.
