Peamine erinevus alleeli ja genotüübi vahel on see, et alleel on üks kromosoomi samas geneetilises asukohas paikneva geeni teisendvormidest, samas kui genotüüp on konkreetse tunnuse geneetiline koostis.
Geneetika on organismide geenide ja pärilike mustrite uurimine. Kromosoomid on struktuurid, mis sisaldavad organismi geneetilist teavet. Seetõttu on eukarüootides genoomis kindel arv kromosoome. Igas kromosoomis on tuhandeid geene, mis on kromosoomide spetsiifilised piirkonnad. Tegelikult on geenid geneetikas struktuuriüksused, mis salvestavad valkude tootmiseks geneetilist teavet. Igal geenil on kaks koopiat, mis laskuvad mõlemalt vanemalt.
Samamoodi on alleel geeni variant või geenivorm. Pealegi on igal geenil kaks alleelivormi, mis määravad geeni kodeeritud karakteristiku. Seega on genotüüp organismi geneetiline koostis, mille määrab alleelide jaotus erinevates geenides.
