Peamine erinevus metalloensüümide ja metalliga aktiveeritud ensüümide vahel on see, et metalloensüümidel on kofaktorina kindlalt seotud metalliioon, samas kui metalliga aktiveeritud ensüümides olevad metalliioonid pole kindlalt seotud.
Mõne ensüümi aktiivsus sõltub metalliioonidest, kuna need metalliioonid toimivad kofaktoritena. Need ensüümid on kahes põhikategoorias nagu metalloensüümid ja metalliga aktiivsed ensüümid. Seetõttu erinevad need ensüümid üksteisest tihedalt seotud metalliioonide olemasolu või puudumise järgi. Arutleme nende ensüümide kohta üksikasjalikumalt.