Peamine erinevus endotsütoosi ja fagotsütoosi vahel seisneb selles, et endotsütoos on aine rakku viimise protsess rakumembraani vesiikulite moodustamise teel, fagotsütoos on aga suure tahke aine rakku viimine fagosoomide moodustamise kaudu.
Endotsütoos ja fagotsütoos on kaks transpordimehhanismi, mis viivad materjale rakku. Endotsütoos on kolme kategooriat. Nende hulgas on fagotsütoos ja pinotsütoos kaks kõige levinumat tüüpi. Pealegi on fagotsütoos üks endotsütoosi vorme. Mõlema mehhanismi ajal võetakse materjalid vesiikulite sisse. Nende materjalide hulka kuuluvad rakujäänused, ensüümid, surnud rakud, patogeenid, hormoonid, toitained jne. Endotsütoosi vastupidine mehhanism on eksotsütoos, mis hõlmab materjali eemaldamist vesiikulitesse suletud rakust.
