Peamine erinevus transgeensete ja knockout-hiirte vahel on see, et transgeensete hiirte genoomi on sisestatud võõrgeenid, samas kui knockout-hiirtel on huvipakkuv funktsionaalselt inaktiveeritud geen.
Geenitehnoloogia on geneetika valdkond, kus organismi geneetilist koosseisu modifitseeritakse või manipuleeritakse rekombinantse DNA tehnoloogia abil. Transgeenseid organisme valmistatakse biotehnoloogia abil võõrgeenide (transgeenide) viimisega organismidesse. Neid nimetatakse ka geneetiliselt muundatud organismideks. Transgeensed organismid on väärtuslikud uurimisvahendid. Need on olulised geeni funktsiooni uurimisel ning geeniteraapias ja põllumajanduses. Hiiri kasutatakse laboriloomamudelitena, kuna need on inimesega tihedamalt seotud. Transgeensed hiired ja knockout hiired on kahte tüüpi geneetiliselt muundatud loomad. Transgeensetes hiirtes asendatakse peremeesorganismi DNA lookuses sama geeni erineva versiooniga või hoopis teise geeniga. Väljalülitatud hiirtel peremeesgeen lihtsalt kustutatakse või funktsionaalselt inaktiveeritakse.
