Peamine erinevus orgaaniliste ja anorgaaniliste ainete vahel on see, et kõik orgaanilised ained sisaldavad olulise komponendina süsinikku, samas kui anorgaanilised ained võivad süsinikku sisaldada või mitte.
Enamasti sisaldavad orgaanilised ained süsinikku, vesinikku ja mõnikord hapnikku koos CH sidemetega. Kuid enamik anorgaanilisi ühendeid ei sisalda süsinikku, välja arvatud mõned ained, näiteks karbonaadid ja tsüaniidid, mis liigitatakse ajaloolistel põhjustel anorgaanilisteks (varasemad teadlased nimetasid neid ühendeid anorgaanilisteks). Seetõttu seisneb orgaaniliste ja anorgaaniliste ainete peamine erinevus aine keemilises koostises.