Peamine erinevus tsisgeneesi ja intrageneesi vahel on see, et tsisgeneesis sisestatakse geenid ilma DNA järjestust muutmata ning geenidel on oma loomulik promootor, intronid ja terminaatorjärjestused, samas kui intrageneesis saab geene kujundada teiste taimede geneetiliste elementide abil sama seksuaalselt ühilduva geenivaramuga.
Transgenees on retsipiendi taime geneetiline muundamine koos mistahes mittetaimse organismi või doonortaime geenidega, mis ei ole vastuvõtja taimega seksuaalselt kokkusobiv. Tsisgenees ja intragenees on kaks alternatiivset mõistet transgeneesile. Mõlemad toimuvad ristatavate liikide vahel. Cisgenesis viitab retsipienttaime geneetilisele modifitseerimisele koos seksuaalselt ühilduva taime loodusliku geeniga. Intragenees võimaldab seevastu kasutada funktsionaalsete geneetiliste elementide in vitro ümberkorraldamise abil loodud uusi geenikombinatsioone. Mõlemad kontseptsioonid põhinevad aga samast liigist pärinevate või sugulisel teel ühilduvate lähedaste liikide geenide kasutamisel. Seega on intragenees ja tsisgenees identsed tavapärase aretuse jaoks saadaval oleva geenivaramuga.
