Peamine erinevus DNA-RNA hübriidide ja dsDNA vahel on see, et DNA-RNA hübriidid on kaheahelalised nukleotiidid, mis koosnevad ühest DNA-ahelast ja ühest komplementaarsest RNA-ahelast, samas kui dsDNA on kaheahelaline DNA, mis koosneb kahest komplementaarsest DNA-ahelast.
Natiivses olekus on DNA kaheahelaline. Sellel on kaks komplementaarset DNA-ahelat, mis on seotud vesiniksidemete kaudu. RNA on oma loomulikus struktuuris üheahelaline. Mõnel juhul moodustab RNA DNA-ga dupleksid. Neid tuntakse kui DNA-RNA hübriide. Need moodustuvad peamiselt onkogeensete RNA viiruste transkriptsiooni ja paljunemise käigus. Võrreldes dsDNA-ga on DNA-RNA hübriidid stabiilsemad.
