Kvaternaarse ammooniumi ja ammoniaagi peamine erinevus seisneb selles, et kvaternaarsel ammoniaagimolekulil on nelja alküülrühmaga seotud tsentraalne lämmastikuaatom, samal ajal kui ammoniaagimolekulil on üks vesinikuaatomiga seotud lämmastikukeskus.
Kvaternaarne ammoonium on katioon, mis on saadud tavalisest ammoniaagi molekulist. Siin on ammoniaagi molekuli kolm vesiniku aatomit asendatud sarnaste või erinevate alküülrühmadega ja selle üksiku elektronipaari kaudu on lämmastikuaatomiga seotud täiendav alküülrühm.
