Peamine erinevus mikrofaagide ja makrofaagide vahel on see, et mikrofaag on väikeste fagotsüütide tüüp, kes elab ainult paar päeva, makrofaag on aga pikema elueaga suurem fagotsüüt.
Meie immuunsüsteem võitleb sissetungivate patogeensete mikroorganismidega ja hoiab meid turvaliselt. Seega on see keeruline süsteem, mis rakendab paljusid erinevaid kaitsemehhanisme sissetungijate avastamiseks ja nende hävitamiseks. Fagotsütoos on üks mehhanism, milles fagotsüüdid neelavad sissetungivaid osakesi ja tapavad need. Fagotsüüdid on rakud, mis on võimelised baktereid neelama ja neelama, ning teised võõrrakud ja nakkusosakesed hävitavad neis. Vastavalt sellele on fagotsüütidel kaks peamist tüüpi, nimelt mikrofaagid ja makrofaagid. Mikrofaag on väike polümorftuumaline fagotsüüt, mida esineb arvukalt. Teiselt poolt on makrofaag teatud tüüpi fagotsüüte, mis paiknevad meie keha mitmes olulises kohas, et toimida sissetungivate osakeste eesmise kaitsemehhanismina. Nad on meie immuunsüsteemi suured sööjad.
