Peamine erinevus parasiitjuurte ja mükoriisade vahel on see, et parasiitjuured on mittefotosünteesivate parasiittaimede juured, mükoriisad on teatud tüüpi vastastikune seos, mis eksisteerib fotosünteesiva kõrgema taime juurte ja seene vahel.
Parasiitlus ja vastastikusus on kaks sümbiootilist kooslust, mis eksisteerivad kahe erineva koos elava liigi vahel. Parasiitlus on kasulik ainult parasiitidele, kuna parasiit saab peremehelt toitu ja muid nõudeid, kahjustades seda. Teisalt on vastastikune suhtumine kasulik mõlemale partneriks, kes on ühingus. Mükoriisad on teatud tüüpi vastastikune seos kõrgema taime ja seene vahel. Seen elab kõrgemate taimede juurtes. Kõrgemad taimed pakuvad seenele toitu, samal ajal kui seene imab mullast taimesse vett ja toitaineid.
