Peamine erinevus transformatsiooni ja transmutatsiooni vahel seisneb selles, et transformatsioon on geneetilise koostise muutmine geeniülekande kaudu, et tekitada muutunud märke, samas kui transmutatsioon on protsess, mis muudab mutatsiooni mõjul organismi täielikult.
Transformatsioon ja transmutatsioon on kaks mõistet, mis ilmnevad evolutsioonibioloogia valdkonnas. Aja jooksul on organismid transformeerunud ja muundunud, et kohaneda erinevate keskkonnatingimustega. Mõlemad mõisted selgitavad tavaliselt sama nähtust; transformatsiooni ja transmutatsiooni vahel on siiski minutiline erinevus.