Peamine erinevus hierarhilise ja kogu genoomi jahipüssi sekveneerimise vahel on see, et hierarhilises jahipüssi järjestuses jaotatakse genoom enne sekveneerimist suuremateks fragmentideks, samas kui kogu genoomi jahipüssi järjestamisel on kogu genoom sekveneerimiseks jagatud väikesteks fragmentideks.
Järjestamine on molekulaarsete protsesside oluline tehnika, eriti liikide täpse tuvastamise korral. Tegelikult on see geenis või genoomis nukleotiidide täpse järjekorra tuvastamise tehnika. Järjestamist on palju tehnikaid. Mõned neist hõlmavad Maxam Gilberti meetodit, Sangeri meetodit ja automatiseeritud Sangeri meetodit.
