Peamine erinevus püssijärjestuse ja järgmise põlvkonna järjestuse vahel seisneb selles, et püssijärjestus on järjestamismeetod, mis jagab juhuslikult DNA järjestused paljudeks väikesteks fragmentideks ja paneb järjestuse uuesti kokku, jälgides kattuvaid piirkondi, samas kui järgmise järgmise põlvkonna järjestus (NGS) on täiustatud meetod geneetiline järjestus, mis sõltub kapillaarelektroforeesist.
Sekveneerimine on protsess, mis määrab geenis, geenikobaras, kromosoomis ja täielikus genoomis nukleotiidide täpse järjekorra. Genoomiuuringutes, kohtuekspertiisides, viroloogias, bioloogilises süstemaatikas, meditsiinilises diagnoosimises, biotehnoloogias ja paljudes muudes valdkondades on väga oluline analüüsida geenide struktuuri ja funktsioone ning organismide identifitseerimist. Lisaks on saadaval erinevaid sekveneerimismeetodeid. Haavlipüsside järjestamine ja järgmise põlvkonna järjestamine on nende hulgas kaks täiustatud meetodit.