Peamine erinevus rohelise keemia ja keskkonnakeemia vahel on see, et roheline keemia on keemiline tehnika, samas kui keskkonnakeemia on distsipliin.
Roheline keemia on jäätmekäitlus. Kuid see hõlmab teatud keemilise protsessi käigus tekkivate jäätmete käitlemist. Eespool mainitud põhierinevuses tähendab distsipliin „teadmiste haru“. Seetõttu on keskkonnakeemia teadmiste haru, milles saame uurida keemia keemilisi aspekte. See keemia haru hõlmab looduses sisalduvate saasteainete analüüsi ja muldade analüüsi koos paljude teiste valdkondadega.