Peamine erinevus ravimkeemia ja farmatseutilise keemia vahel on see, et ravimkeemia tegeleb uute keemiliste ühendite kavandamise, optimeerimise ja väljatöötamisega, et neid ravimitena kasutada, samas kui farmatseutiline keemia tegeleb ravimite uurimisega ja nende väljatöötamisega.
Nii ravimkeemia kui ka farmatseutiline keemia käsitlevad ravimeid või ravimeid, mida kasutame erinevate haiguste raviks. Mõlemas valdkonnas käsitletakse ravimite väljatöötamist ja arendamist väga väikeste erinevustega. Üks selline erinevus on see, et meditsiiniline keemia uurib lisaks ravimitele ka nende ravimite toimemehhanisme meie kehas.
