Peamine erinevus Iso ja Sec vahel orgaanilises keemias on see, et me kasutame terminit iso orgaanilise ühendi nimetamiseks, mis sisaldab kõiki süsinikuaatomeid, välja arvatud üks, mis moodustab pideva ahela, samas kui sekundi süsinikuga seotud funktsionaalse rühma tuvastamiseks kasutame terminit sec aatom.
Orgaanilises keemias on palju eesliiteid, mida kasutame ühendites esinevate rühmade tuvastamiseks ja orgaaniliste molekulide nimetamiseks, et neid üksteisest eristada. Pealegi võib parem nomenklatuurisüsteem nimetada isegi väga keerukat molekuli. Nt: IUPACi nomenklatuur on parim nomenklatuurisüsteem, mis annab iga detaili keemilise ühendi struktuuri kohta.
