Peamine erinevus kogu genoomi järjestamise ja eksoomi järjestuse vahel seisneb selles, et kogu genoomi järjestamine järjestab kogu organismi genoomi, samas kui eksoomi järjestamine järjestab ainult organismi eksoomi või valke kodeerivaid geene.
Järjestamine on tehnika, mis määrab konkreetse DNA molekuli nukleotiidide täpse järjekorra. See peegeldab lihtsalt nelja aluse õiget järjekorda; adeniin (A), guaniin (G), tsütosiin (C) ja tümiin (T) DNA fragmendis. On mitmeid sekveneerimismeetodeid, nagu Sangeri sekveneerimine, järgmise põlvkonna sekveneerimine jne. Lisaks võib sekveneerimise läbi viia kas organismi täielik genoom (kogu genoomi järjestamine) või ainult genoomis olevad valku kodeerivad geenid (eksoomi sekveneerimine).
