Peamine erinevus mutageeni ja teratogeeni vahel on see, et mutageen on aine või toimeaine, mis põhjustab muutusi inimese DNA järjestuses, samal ajal kui teratogeen on aine, mis kahjustab rasedust lootele või arenevale embrüole.
Mutageenid ja teratogeenid on tavaliselt keemilised toimeained. Kuid füüsikalised ja bioloogilised toimeained võivad toimida ka mutageeni või teratogeenina. Mõlemad võivad inimestel põhjustada väga kahjulikke või surmavaid tagajärgi. Biotehnoloogia täiustamine on aga andnud uue ülevaate nii mutageenide kui ka teratogeenide kontseptsioonidest.
