Peamine erinevus kromatofookuse ja isoelektrilise fokuseerimise vahel on see, et kromatofookus on kolonnkromatograafia tüüp, milles kasutatakse ioonivahetusvaike, samas kui isoelektriline fokuseerimine on elektroforeesitehnika tüüp, mis kasutab immobiliseeritud pH-gradientgeele.
Kromatofookus ja isoelektriline teravustamine on kaks tehnikat, mis eraldavad valke vastavalt nende isoelektrilistele punktidele. Nii kromatofookus kui ka isoelektriline teravustamine on suure eraldusvõimega. Kromatofookus on kõrglahutusega kolonnkromatograafia meetod, isoelektriline fokuseerimine aga elektroforeetilise eraldamise meetod. Pealegi ei kasutata kromatofookustamisel elektrivälja, samas kui isoelektriline fokuseerimine vajab elektrivälja.
