Peamine erinevus R- ja S-konfiguratsiooni vahel on see, et R-konfiguratsioon on R-isomeeri ruumiline paigutus, mille suhteline prioriteetne suund on päripäeva, samas kui S-konfiguratsioon on S-isomeeri ruumiline paigutus, millel on suhteline prioriteetsus tellida vastupäeva. Siin on prioriteetsuse järjekorra suhteline suund asendajate prioriteetide kahanev järjestus.
R- ja S-isomeerid on orgaanilised molekulid, millel on kiraalne keskus, see on süsinikuaatom, millel on neli erinevat asendajat. Need asendajad loetletakse vastavalt nende prioriteedile (prioriteet määratakse allpool kirjeldatud CIP-reeglite abil).
