Peamine erinevus SM ja puukborrelioosi vahel on see, et puukborrelioos on nakkushaigus, samas kui MS ei ole põletikuline haigus, millel puudub nakkuslik päritolu. See tähendab, et hulgiskleroos on krooniline autoimmuunne T-rakkude vahendatud põletikuline haigus, mis mõjutab kesknärvisüsteemi. Puukborrelioosi põhjustab seevastu spiroheet Borrelia burgdoferi, mis siseneb inimkehasse täide või puukide hammustuste kaudu.
Nii hulgiskleroos kui ka puukborrelioos on haigused, mis võivad mõjutada meie neuroloogilist süsteemi.