Peamine erinevus vesinikkloriidhappe ja vesinikkloriidhappe vahel on see, et vesinikfluoriidhape on nõrk hape, samas kui vesinikkloriidhape on tugev hape. Samuti on vesinikfluoriidhape võimeline moodustama vesiniksidemeid, vesinikkloriidhape aga vesiniksidemeid.
Pealegi on vesinikkloriidhappe ja vesinikkloriidhappe üks oluline erinevus nende molekulaarses struktuuris. Fluorhappe molekulil on fluoriidioon, vesinikkloriidhappe molekulil aga kloriidioon. Lisaks on nii vesinikfluoriid- kui vesinikkloriidhape prootonidoonorid. Seetõttu võivad need happemolekulid vesikeskkondades ioniseerida, vabastades prootoneid (H +). Need prootonid põhjustavad vesikeskkonnas happesust.
