Peamine erinevus glükogeensete ja ketogeensete aminohapete vahel on see, et glükogeensed aminohapped toodavad katabolismi ajal püruvaati või mis tahes muid glükoosi prekursoreid, samas kui ketogeensed aminohapped toodavad katabolismi ajal atsetüül CoA ja atsetoatsetüül CoA.
Aminohapped on põhimolekulid, mis moodustavad valkude ja polüpeptiidide keemilise struktuuri. Kuigi aminohapete klassifikatsioonid on erinevad, võime need klassifitseerida glükogeenseteks ja ketogeenseteks aminohapeteks, sõltuvalt nende katabolismi käigus moodustuvatest vaheühenditest. Nagu eespool mainitud, annab aminohapete katabolismi lõppsaadus kahte tüüpi vahesaadusi; kas püruvaat (või teiste glükoosi prekursoritega) või atsetüül CoA ja atsetoatsetüül CoA.
