Peamine erinevus hüdrofoobsete ja hüdrofiilsete aminohapete vahel on see, et hüdrofoobsed aminohapped on mittepolaarsed, samas kui hüdrofiilsed aminohapped on polaarsed.
Aminohapped on valkude ehituskivid. Valk on hiiglaslik polümeerimolekul, mis on kõigi elusorganismide oluline komponent. Lisaks on aminohapped peamiselt kahte tüüpi asendamatute ja vähemoluliste aminohapetena. Veelgi enam, vastavalt nende füüsikalis-keemilisele olemusele võime neid liigitada hüdrofiilseteks ja hüdrofoobseteks aminohapeteks. Need erinevad üksteisest peamiselt polaarsuse põhjal.
