Peamine erinevus BCAA ja aminohapete vahel on see, et BCAA on hargnenud ahelaga aminohape, millel on haruga alifaatsed kõrvalahelad, samas kui aminohapped on orgaanilised ühendid, mis sisaldavad amiinrühmi, karboksüülrühmi ja spetsiifilist külgahelat.
Aminohapped on valkude ehituskivid. Aminohappe kõrvalrühm (R) määrab aminohappe omadused. Seetõttu on see kõrvalrühm spetsiifiline aminohapete suhtes. Teisisõnu, erinevatel aminohapetel on erinevad kõrvalrühmad. Kuid BCAA-del on täiendav ainulaadsus; keskne süsinikuaatom, mis on seotud kolme või enama süsinikuaatomiga.
