Üks peamisi erinevusi histoloogia ja tsütoloogia vahel on see, et histoloogia on bioloogia haru, mis uurib loomade ja taimede kudesid mikroskoobi all, samas kui tsütoloogia on teine bioloogia haru, mis uurib rakke mikroskoobi all. Pealegi on histoloogilised uuringud laiemad, üksikasjalikumad ja kallimad kui tsütoloogilised uuringud.
Iga elus organism maa peal koosneb kas rakust või rakkude kogumist, välja arvatud viirused. Rakk on organismi väikseim struktuurne ja funktsionaalne üksus. Kude on rakkude rühm, mis täidab ühist funktsiooni ja millel on sarnane päritolu. Erinevad koed töötavad koos ja moodustavad elundi. Elundisüsteem on elundite kogu. Samamoodi hõlmab looma või taime keha eri tasanditel organisatsioone, kusjuures iga taseme keerukus rakkudest elundisüsteemideni organismideni suureneb. Seega on üherakulistel organismidel lihtne struktuur, samal ajal kui enamikul mitmerakulistel organismidel on see struktuur väga keeruline. Histoloogia ja tsütoloogia on kaks bioloogia haru, mis uurivad loomade ja taimede kudesid ning rakke mikroskoopiliselt.
