Peamine erinevus histopatoloogia ja tsütoloogia vahel on see, et histopatoloogia on haigete kudede uurimine mikroskoobi abil, tsütoloogia aga keha üksikute rakkude uurimine.
Rakud on elu põhilised struktuuriüksused. Meditsiinis haiguste diagnoosimisel uurivad patoloogid rakke ja terveid kudesid. Kudede uurimine seoses haigusega on tuntud kui histopatoloogia. Seevastu ühe rakutüübi uurimine on tuntud kui tsütoloogia. Seetõttu vaatleb histopatoloogia kudesid, tsütoloogia aga üksikuid rakke.