Bakteriotsiini ja antibiootikumi peamine erinevus seisneb selles, et bakteriotsiin on valguline toksiin, mida bakterid toodavad lähedase bakteritüve vastu, samas kui antibiootikum on antibakteriaalne aine ja sekundaarne metaboliit, mis tapab või pidurdab bakterite kasvu.
Antimikroobsete ainete võime hävitada patogeenseid mikroorganisme või pidurdada nende kasvu ja paljunemist. Antimikroobsed ained võivad olla antibakteriaalsed, seenevastased või viirusevastased. Antibakteriaalsed ained või antibiootikumid toimivad bakterite vastu, seentevastased aga patogeensete seente vastu. Viirusevastased ravimid tapavad viiruseid. Seetõttu on antibiootikumid kõige tõhusamad antibakteriaalsed ained, mida saab kasutada bakteriaalsete infektsioonide vastu võitlemiseks. Bakteriotsiin on valguline toksiin, mida toodavad bakterid. See toimib tihedalt seotud bakteritüvede vastu. Nii antibiootikum kui ka bakteriotsiin omavad antibakteriaalset toimet.
