Peamine erinevus munasarjade tsükli ja menstruaaltsükli vahel on see, et munasarjade tsükkel on munasarjades toimuv tsükkel, samas kui menstruaaltsükkel on tsükkel, mis toimub emakas, mis on seotud emaka seinaga.
Munasarjade tsükkel ja menstruaaltsükkel on kaks naistel esinevat tsüklit. Need kaks tsüklit valmistavad naist ette järglaseks saamisel ja sünnitamisel ning emaks saamisel. Mõlemad tsüklid esinevad naiste reproduktiivses süsteemis. Seega on need hormoonidele reageerivad tsüklid. Naised läbivad need kaks tsüklit puberteedist menopausini. Sündmuste jada toimub nende kahe tsükli jooksul ja neid juhivad peamiselt hormoonid. Raseduse saabudes peatuvad mõlemad tsüklid ja seda teeb hormoon nimega inimese kooriongonadotropiin (hCG).
