Peamine erinevus ioonpaari ja ioonivahetuskromatograafia vahel on see, et ioonpaarikromatograafias saab proovis olevaid ioone „paaritada“ja eraldada ioonipaarina, ioonivahetuskromatograafias võib proovis olevaid ioone eraldada katioonidena ja anioonid eraldi.
Kromatograafia on oluline tehnika, mis viib erinevate komponentide eraldamiseni segus. Ioonpaar ja ioonivahetuskromatograafia on analüüsimeetodid, mida saame kasutada ioonide ja polaarsete molekulide eraldamiseks segus, lähtudes nende endi elektrilaengust.