Peamine erinevus CDS-i ja cDNA vahel on see, et CDS või kodeeriv järjestus on transkripti osa, mis tegelikult tõlgitakse valguks, samas kui cDNA-järjestus on DNA järjestus, mis on tuletatud pöördtranskriptsiooni teel mRNA-st.
Geen on nukleotiidjärjestus, mis kodeerib valku. See koosneb erinevatest piirkondadest nagu promootorpiirkond, transkriptsiooni initsiatsioonisait, eksonid, stardikoodon, intronid ja stoppkoodon. Seetõttu on geenil nii kodeerivad kui ka mittekodeerivad järjestused. Kodeerivad järjestused ehk CDS viitavad eksonitele ja kahele koodonile, milleks on alguskoodon ja stoppkoodon. See on järjestus, mis tegelikult tõlgitakse valguks. Seevastu cDNA on DNA järjestus, mis on tuletatud pöördtranskriptsiooni teel mRNA-st.
