Peamine erinevus DNA ja cDNA vahel on see, et DNA sisaldab nii eksoneid kui ka introneid, samas kui cDNA sisaldab ainult eksoneid.
DNA ja cDNA on kahte tüüpi nukleiinhapped, mis koosnevad deoksüribonukleotiididest. DNA on üks olulisemaid elusorganismide makromolekule, mis genoomi moodustavad. Genoom sisaldab organismi üldist geneetilist teavet. See koosneb erinevat tüüpi järjestustest, kaasa arvatud kodeerivateks järjestusteks olevad eksonid ja mittekodeerivad järjestused. Teiselt poolt on cDNA või komplementaarne DNA veel üks DNA vorm, mille teadlased sünteesivad kunstlikult mRNA molekulidest. Kuna cDNA pärineb mRNA matriitsidest, ei sisalda see mittekodeerivaid järjestusi ega introneid.
