Peamine erinevus CRISPR-i ja CRISPR Cas9 vahel on see, et CRISPR (regulaarselt rühmitatud lühikeste palindromiliste kordustega) on looduslikult esinev prokarüootne immuunkaitse mehhanism, samas kui CRISPR cas9 on RNA-juhitud Cas9 nukleaas, mis on osa CRISPR-i adaptiivsest immuunsüsteemist.
CRISPR on viirusevastane immuunsüsteem, mida leidub bakterites ja arheedes. See on bakterite genoomist leitud DNA järjestuste perekond. See koosneb spacerjärjestustest, mis on saadud neid varem nakatanud bakteriofaagide DNA fragmentidest. Järgnevate viirusnakkuste korral kasutavad bakterid neid järjestusi viiruse DNA hävitamiseks. CRISPR-i järjestustel on lühikesed palindroomsed kordused ja vaheseeriate järjestused. Pealegi on CRISPR-i korduvatel spacerjärjestustel sageli seotud geenid, mis kodeerivad Cas valke. Cas9 on RNA juhitav endonukleaas. Koos CRISPR järjestustega toimib Cas9 valk bakterites bakteriofaagide vastu adaptiivse immuunsüsteemina.
