Peamine erinevus - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green ja Taqman on kaks meetodit, mida kasutatakse reaalajas PCR-i amplifikatsiooniprotsessi tuvastamiseks või jälgimiseks. SYBR Green on meetod, mis põhineb nukleiinhappega värvimisvärvi interkalatsioonil, Taqman aga hüdrolüüsisondil põhineval meetodil. Mõlemad tehnoloogiad on loodud fluorestsentsi tekitamiseks PCR-i ajal, mis võimaldab reaalajas PCR-masinal jälgida reaktsiooni reaalajas. SYBR Green meetod viiakse läbi fluorestsentsvärvi, mida nimetatakse SYBR green, abil ja see tuvastab amplifikatsiooni, sidudes värvi toodetud kaheahelalise DNA-ga. Taqman viiakse läbi kahesildiliste sondide abil ja tuvastatakse amplifikatsioon sondi lagundamise teel Taq polümeraasi abil ja fluorofoori eraldumise teel. See on peamine erinevus SYBR Greeni ja Taqmani vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on SYBR Green
3. Mis on Taqman
4. Võrdlus kõrvuti - SYBR Green vs Taqman
5. Kokkuvõte
Mis on SYBR Green?
SYBR Green on fluorestseeruv värv, mida kasutatakse nukleiinhapete, eriti kaheahelalise DNA värvimiseks molekulaarbioloogias. SYBR Green meetodit kasutatakse PCR-toodete kvantifitseerimiseks reaalajas PCR-i ajal. Kui see seondub DNA-ga, neelab tekkiv DNA-värvikompleks sinist valgust ja kiirgab intensiivset rohelist valgust. See juhtub struktuurimuutuste tõttu, mis toimuvad värvaine molekulis kaheahelalise DNA-ga seondumisel. Kui PCR loob üha enam DNA-d, seondub DNA-ga rohkem värvimolekule, tekitades rohkem fluorestsentsi. Seetõttu suureneb fluorestsents koos PCR-i toote kuhjumisega. Seega saab PCR produkti kogust kvantitatiivselt mõõta SYBR Green fluorestsentsi tuvastamise abil.
SYBR rohelist värvi võib kasutada ka DNA märgistamiseks tsütomeetrias ja fluorestsentsmikroskoopias. Etiidiumbromiid on edukalt asendatud SYBR Greeniga, kuna etiidiumbromiid on kantserogeenne värv, mille geelelektroforeesi DNA visualiseerimise käigus on probleeme kõrvaldamisega.
SYBR green meetodil on eeliseid ja puudusi. See meetod on väga tundlik, odav ja hõlpsasti kasutatav. Kuid tänu oma võimele seonduda mis tahes kaheahelalise DNA-ga võib mittespetsiifiline seondumine põhjustada PCR-produkti üle kvantifitseerimist.
Joonis 01: SYBRi roheline tehnika
Mis on Taqman?
Taqman on SYBR Greenile alternatiivne meetod PCR reaalajas jälgimiseks. See meetod sõltub Taq polümeraasi ensüümi 5 '- 3' eksonukleaasi aktiivsusest sondide lagundamiseks uue ahela pikendamise ja fluorofoori vabanemise ajal. Selles meetodis kasutatakse kahesildilisi sonde ja see põhineb sondide hüdrolüüsil. Sondid on fluorestseeruvalt märgistatud DNA oligonukleotiidid, mille 5'-otsas on fluorestseeriv reportermolekul (fluorofoor) ja 3'-otsas kustutusmolekul. Need on kavandatud seonduma praimeri vastasküljel asuva üheahelalise matriitsiga. Taq polümeraas lisab praimerile nukleotiide ja pikendab uut ahelat kahesildiliste sondide suunas. Kui Taq polümeraas vastab sondile, aktiveerib ja lagundab sondi Taq polümeraasi eksonukleaasne toime. Kui see on uue ahela sünteesi lõpule viinud, lagundatakse sond täielikult ja vabastatakse fluorofoor. Fluorofoori vabanemine tekitab fluorestsentsi. Fluorestseeruv kustutaja molekul kustutab kiirgava valguse tõhusalt ja loob väljundi PCR produkti kvantifitseerimiseks. Fluorofooride eraldumine ja PCR-toodete kogus on proportsionaalsed. Seega saab kvantifitseerimist hõlpsasti teha Taqmani meetodil.kvantifitseerimist saab hõlpsasti teha Taqmani meetodil.kvantifitseerimist saab hõlpsasti teha Taqmani meetodil.
Joonis 02: Taqmani meetod
Taqmani meetodit kasutatakse reaalajas PCR-s, geeniekspressiooni kvantifitseerimisel, geneetiliste polümorfismide tuvastamisel, kromosomaalsete DNA deletsioonide kvantifitseerimisel, bakterite tuvastamisel, mikrokiibi analüüsi kontrollimisel, SNP genotüüpide määramisel jne.
Mis vahe on SYBR greenil ja Taqmanil?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green põhineb DNA-d siduval värvil. | Taqman sõltub hübridisatsiooni proovidest ja Taq polümeraasi 5 'kuni 3' eksonukleaasi aktiivsusest. |
| Fluorestseeruvalt märgistatud sondid | |
| Fluorestseeruvalt märgistatud sondid pole vajalikud. | Vaja on topeltmärgistatud sonde. |
| Multipleksse geenianalüüs | |
| Seda ei saa kasutada multipleksse geeni sihtmärkide jaoks. | Seda saab kasutada multipleksse geeni sihtmärkide jaoks. |
| Maksumus | |
| See on odavam. | See on kallim. |
| Konkreetsus | |
| See on vähem spetsiifiline ja seondub mis tahes kaheahelalise DNA-ga | Need on väga spetsiifilised, kuna sondid tuvastavad spetsiifilised amplifikatsiooniproduktid. |
| Efektiivsus | |
| See on vähem efektiivne. | See on väga tõhus. |
| Rakendus | |
| Seda kasutatakse reaalajas PCR-is, agaroosgeeli visualiseerimisel, DNA märgistamisel jne | Seda kasutatakse PCR reaalajas, geeniekspressiooni kvantifitseerimisel, geneetiliste polümorfismide tuvastamisel jne. |
Kokkuvõte - SYBR Green ja Taqman
Taqman ja SYBR green on kaks meetodit, mida kasutatakse reaalajas PCR-is (kvantitatiivne PCR). Mõlemad meetodid võimaldavad tõhusalt kvantifitseerida PCR-produkti ja tugineda fluorestsentsi emissioonile. Taqmani meetod kasutab akumuleeritud DNA tuvastamiseks kahesildis sonde, samas kui SYBR Greeni meetodil kasutatakse fluorestsentsvärvi. Mõlemal meetodil on molekulaarbioloogias erinev rakendus.
