Peamine erinevus molekuli ja aatomi vahel on see, et molekul on kahe või enama aatomi kombinatsioon keemilise sideme kaudu, samas kui aatom on üksik keemiline liik, mis võib üksteisega ühendada molekule ja ioone.
Kogu aine maailmas koosneb aatomitest ja molekulidest, mistõttu võime neid pidada kogu selle planeedi, sealhulgas meie, ehitusmaterjalideks. Võhiku mõistes võime öelda, et mis tahes keemilise elemendi kõige põhilisem ja ka kõige väiksem ühik on aatom. Keemiline element on aatomiliik. Näiteks on väikseim hapnikugaasi ühik hapniku aatom; saame seda tähega O. tähistada. Kuid seda hapniku aatomit ei eksisteeri iseseisvalt ja see muutub stabiilseks alles siis, kui see ühendub keemiliselt teise hapniku aatomiga. Seejärel saab sellest molekul ja saame seda kujutada keemilise valemiga O 2.
