Peamine erinevus prokarüootse ja eukarüootse genoomi vahel on see, et prokarüootne genoom esineb tsütoplasmas, samas kui eukarüootne genoom on piiratud tuumas.
Genoom viitab kogu organismi DNA kogule. Teisisõnu on genoom organismi geneetiline materjal, mis sisaldab kogu geneetilist teavet. Enamikul organismidest on DNA-st genoom. Mõned genoomid põhinevad siiski RNA-l. Näiteks on teatud viirustel RNA genoomid. Organismi kogu geneetilise materjali arvestamisel ei hõlma see ainult geene ega kodeerivaid järjestusi. See sisaldab nii geene kui ka DNA mittekodeerivaid järjestusi.
Kuna geneetiline teave asub genoomis geenide kujul, läbivad geenid valkude tootmiseks transkriptsiooni ja translatsiooni. Prokarüootse ja eukarüootse genoomi ekspressiooniprotsessidel on erinevus. Lisaks on mõlema genoomi ladustamine ja replikatsioon prokarüootide ja eukarüootide puhul samuti erinev. Kuid DNA struktuur jääb mõlemas organismis samaks (Double Helix). Peamine erinevus prokarüootse ja eukarüootse genoomi vahel on seotud organismide rakulise korraldusega ja genoomi asukohaga.
