Peamine erinevus prokarüootse ja eukarüootse DNA vahel on see, et prokarüootne DNA hõljub vabalt tsütoplasmas, samas kui eukarüootne DNA paikneb tuuma sees.
Elusorganismidel on kaks peamist kategooriat, näiteks prokarüootid ja eukarüoodid. Nad erinevad üksteisest rakulise korralduse poolest. Vastavalt sellele on prokarüootidel lihtne rakuline organisatsioon. Neil puudub tuum ja membraaniga seotud organellid. Teiselt poolt on eukarüootidel keeruline rakuline organisatsioon. Neil on tõeline tuum, mis sisaldab DNA-d ja ka membraaniga seotud rakuorganelle. Kõik prokarüootid on üherakulised, samas kui eukarüoodid võivad olla ühe- või mitmerakulised organismid. Prokarüootid ja eukarüoodid sisaldavad peamiselt DNA genoome. Nende DNA on pakitud kromosoomidesse. Kuna prokarüootidel pole tuuma, hõljub nende DNA tsütoplasmas vabalt. Kuid eukarüootides paiknevad kromosoomid tuuma sees. Seega ümbritseb tuumamembraan kogu eukarüootse DNA.
