Peamine erinevus prokarüootse ja eukarüootse topoisomeraasi vahel on topoisomeraasi rakuline päritolu. Prokarüootsed topoisomeraasid esinevad prokarüootse rakulise päritoluga rakkudes, eukarüootsed topoisomeraasid aga eukarüootse rakulise päritoluga organismides. Lisaks erinevad need ka jaotuse poolest. Prokarüootsed topoisomeraasid esinevad raku tsütoplasmas, eukarüootsed topoisomeraasid aga tuumas.
Isomeraas on ensüümide rühm, mis katalüüsib molekulide struktuurilist ümberkorraldust. Topoisomeraas on üks isomeraaside tüüp. See muudab DNA molekuli topoloogiat, reguleerides DNA superkeerumist. See lõikab ja sulgeb DNA dupleksi ühe või mõlemad ahelad. Seetõttu on DNA võimeline läbima replikatsiooni, transkriptsiooni, parandamise ja kromosoomse segregatsiooni. Topoisomeraase on kahte tüüpi, nimelt topoisomeraasid I ja II.
