Peamine erinevus genoomi ja geenivaramu vahel on see, et genoom viitab kogu organismi DNA-le, samas kui geenivaramu viitab kogu ristuva populatsiooni ainulaadsete geenide komplektile.
Geen on pärilikkuse põhiline struktuuriüksus. Geenid lähevad sugurakkude kaudu vanematelt järglastele. Samuti esinevad need organismi genoomis. Genoom on organismi täielik DNA komplekt. Geenivaramu on ka sarnane mõiste. Kuid see esindab kõigi populatsioonis või liikides esinevate geenide kogu. Vastupidiselt genoomile on geenivaramu populatsiooni geenide segu. Seega esindab geenivaramu kõiki võimalikke alleele, mis selles konkreetses populatsioonis esinevad.
