Peamine erinevus mesodermi ja mesenhüümi vahel on see, et mesoderm on üks kahepoolselt sümmeetriliste loomade kolmest idukihist, samas kui mesenhüüm on diferentseerumata kude, mida leidub embrüonaalses tõelises mesodermis.
Diploblastilistel loomadel on keha plaan kahe rakukihiga suhteliselt lihtne. Need kaks kihti on välimine ektoderm ja sisemine endoderm. Ektodermirakud on suunatud keskkonnale ja endodermirakud on suunatud enteronile, mis on õõnsus, millel on üks ava väljapoole. Ava on suu. Pealegi on triploblastiline seisund seisund, mille korral embrüos tekib kolmas mesodermina tuntud kiht. Mesoderm asub ektodermi ja endodermi vahel, eraldades kaks rakukihti. Kolmas kiht on kehale oluline. Teatud loomade puhul jääb suur osa mesodermist diferentseerimata ja moodustab kehaorganeid toetava ja kaitsva mesenhüümina tuntud pakkekoe.
