Peamine erinevus heterokromatiini ja eukromatiini vahel on see, et heterokromatiin on väga inaktiivne kromatiini vorm, mis on üldiselt passiivne, samas kui euchromatiin on kromatiini lõdvalt pakitud vorm, mis on üldiselt aktiivne.
Kromatiin on struktuur, mis hoiab kromosoomi DNA-ahelat. Heterokromatiin ja eukromatiin on kaks peamist kromatiini tüüpi, mis rakkudes esinevad. Heterokromatiinil ja euhromatiinil on struktuuri ja funktsiooni osas erinevus. Lisaks erinevad need ka transkriptsiooni ja replikatsiooni omadustest.
