Peamine erinevus rakusisese ja rakkudevahelise signaalimise vahel on see, et rakusisene signaalimine on rakusisene side, rakkudevaheline signaal aga rakkude vahel.
Rakud vabastavad signaalmolekulid sihtrakkudele ja suhtlevad üksteisega mitmerakulistes organismides signaalmolekulide kaudu. Sihtrakkudel on rakupinnal ja tsütoplasmas retseptorid signaalide vastuvõtmiseks ja vastavalt toimimiseks. Samuti toimub raku sees rakufunktsioonide täitmiseks side organellide ja tuuma vahel. Seetõttu on rakuside kahte tüüpi: rakusisene signaalimine või side ja rakkudevaheline side või signaalimine.
