Peamine erinevus DMSO ja MSM vahel on see, et DMSO on väävelorgaaniline ühend, mis eksisteerib vedelas faasis, samas kui MSM on väävelorgaaniline ühend, mis eksisteerib tahkes faasis.
Termin DMSO tähistab dimetüülsulfoksiidi, mõiste MSM aga metüülsulfonüülmetaani. Mõlemad on väävelorgaanilised ühendid. See tähendab; nendel ühenditel on orgaaniliste ühenditega seotud väävliaatomid. Peamine erinevus DMSO ja MSM vahel seisneb aine faasis, milles need ühendid toatemperatuuril eksisteerivad. Lisaks sellele peamisele erinevusele on veel mõned erinevused.